Ὁ Χρυσόστομος (Καλαφάτης) -αὐτό ἦταν ἀπό τή βάπτιση τό ὄνομα τοῦ Ἁγίου- γεννήθηκε τό 1867 στήν Τρίγλια τῆς Προποντίδας καί ἦταν ὁ δευτερότοκος γιός πολυμελοῦς οἰκογένειας μέ ὀκτώ τέκνα.
Ἀποφοιτώντας ἀπό τή Θεολογική Σχολή τῆς Χάλκης (1891), διορίσθηκε ἀρχικά Ἀρχιδιάκονος τοῦ πνευματικοῦ του πατέρα Μητροπολίτου Μυτιλήνης Κωνσταντίνου (Βαλλιάδη), τόν ὁποῖο ἀκολούθησε ἀργότερα στή Μητρόπολη Ἐφέσου (1893).
Ἤδη ἀπό τή φοίτησή του στή Χάλκη, ἀλλά καί τή θητεία του κοντά στόν Μητροπολίτη Κωνσταντῖνο, ἀναδείχθηκαν τά προτερήματα, οἱ ἱκανότητες, ἀλλά καί ἡ θεολογική κατάρτιση καί ἡ ρητορική-κηρυκτική του δεινότητα.
Μέ τήν ἐκλογή τοῦ Ἐφέσου Κωνσταντίνου σέ Οἰκουμενικό Πατριάρχη τόν Ἀπρίλιο τοῦ 1897, ὁ Χρυστόστομος χειροτονήθηκε πρεσβύτερος (18.5.1897) καί χειροθετήθηκε σέ Μέγα Πρωτοσύγκελλο τοῦ Οἰκουμενικοῦ Θρόνου.
Ἕνα χρόνο μετά τήν ἀπομάκρυνση τοῦ Πατριάρχου Κωνσταντίνου Ε΄, ἐπί Πατριάρχου Ἰωακείμ Γ΄, ὁ Χρυσόστομος ἐξελέγη Μητροπολίτης Δράμας (Μάιος 1902), σέ μία περίοδο κρίσιμη γιά τή Μακεδονία, καθώς ἀπό τό 1870 δροῦσε ἐκεῖ μέ τήν ἀνοχή τῶν Τούρκων ἡ (σχισματική) Βουλγαρική Ἐξαρχία καί δραστηριοποιοῦνταν βουλγαρομακεδονικά ἔνοπλα σώματα, μέ σκοπό τόν ἐκβουλγαρισμό τοῦ πληθυσμοῦ, πού ἀναγκαζόταν νά δηλώνει βουλγαρικό ἐθνικό φρόνημα. Ὁλόκληρα χωριά εἶχαν παύσει νά ἀκολουθοῦν τό Οἰκουμενικό Πατριαρχεῖο καί ἀκολουθοῦσαν τή Βουλγαρική Ἐξαρχία.
Ὁ Χρυσόστομος ἔγινε ἀνάχωμα σέ αὐτά τά σχέδια. Περιόδευε συνεχῶς στή Μητροπολιτική του περιφέρεια, ἱερουργοῦσε, κήρυττε, ἀνύψωνε τό φρόνημα τῶν κατοίκων. Χαρακτηριστικό εἶναι ὅτι ἵδρυσε στήν περιοχή 34 σχολεῖα, γυμναστήρια, ἀναγνωστήρια, Μητροπολιτικό ναό καί μέγαρο καί ἄλλους περικαλλεῖς ναούς, νοσοκομεῖο, ὀρφανοτροφεῖο, γηροκομεῖο, γεωργική σχολή στή Μονή Εἰκοσιφοίνισσας καί ἄλλα ἱδρύματα, ἵδρυσε καί ὀργάνωσε φιλόπτωχες ἀδελφότητες, μουσικούς συλλόγους, διοργάνωσε γυμναστικούς ἀγῶνες κ.ο.κ.
Ἑπόμενο ἦταν ὅτι, μετά ἀπό πιέσεις τῶν Τούρκων, ἀλλά καί Βρετανῶν παρατηρητῶν, στά τέλη Αὐγούστου τοῦ 1907 ἀπομακρύνθηκε ἀπό τήν ἕδρα του, γιά νά ἐγκατασταθεῖ στήν ἰδιαίτερη πατρίδα του τήν Τρίγλια. Στή Δράμα ἐπέστρεψε τόν Αὔγουστο τοῦ 1908 ἐν μέσῳ παλλαϊκῆς ὑποδοχῆς.
Ὡστόσο, ἡ κατάσταση δέν εἶχε ἀλλάξει. Ἔπρεπε καί πάλι νά συνεχίσει παράλληλα μέ τόν ἐκκλησιαστικό, καί τόν ἐθνικό ἀγώνα, γιά νά ἀπομακρυνθεῖ πάλι ἀπό τή Δράμα τόν Ἰούνιο τοῦ 1909.
Τόν Μάρτιο τοῦ 1910 ἐξελέγη Μητροπολίτης Σμύρνης, ὅπου ἔγινε δεκτός μέ ἐνθουσιασμό ὄχι μόνο ὡς ποιμένας, ἀλλά καί ὡς ἡγέτης (Μάιος 1910).
Τό ἔργο του στή νέα ἐκκλησιαστική ἐπαρχία τεράστιο. Ἐκτός ἀπό τό ἀμιγῶς ἐκκλησιαστικό-πνευματικό ἔργο του, ἀνέγειρε νέο Μητροπολιτικό μέγαρο, ἀνασυγκρότησε τήν Εὐαγγελική Σχολή, προώθησε τήν ἀνάπτυξη τοῦ ἀθλητισμοῦ στή νεολαία, ἵδρυσε σχολεῖα, ἀναγνωστήρια, αἴθουσες διαλέξεων, συσσίτια, περιέθαλψε Τούρκους πρόσφυγες ἀπό τή Μακεδονία στήν ἐποχή τῶν Βαλκανικῶν πολέμων, ἐξέδωσε τόν «Ἱερό Πολύκαρπο», φρόντισε τούς Ἕλληνες πρόσφυγες ὅταν ἄρχισαν οἱ συστηματικοί διωγμοί τῶν Ἑλλήνων, ἤδη ἀπό τό 1914, μέ ὀργάνωση καταλυμάτων, συσσιτίων, ἰατρική βοήθεια, προστασία καί διαφυγή τους. Συγχρόνως ἐνεργοῦσε διπλωματικά, ἀκόμη καί προσπαθώντας νά κάνει τό πᾶν πρός ἐνημέρωση τῆς διεθνοῦς κοινῆς γνώμης. Κατανοητό γιατί διώχθηκε ἀπό τίς Τουρκικές ἀρχές ἀπό τήν ἕδρα του τόν Αὔγουστο τοῦ 1914 γιά τήν Κωνσταντινούπολη. Στήν ἐπαρχία του ἐπέστρεψε μετά ἀπό 4 χρόνια (18.12.1918).
Στίς 2 Μαΐου τοῦ 1919 εὐτύχησε νά ζήσει τήν εἴσοδο τοῦ Ἑλληνικοῦ Στρατοῦ στή Σμύρνη. Ὅμως, ὁ ἱεράρχης ὑπερέβη τά στενά ἐθνικιστικά πλαίσια καί ἔδωσε τήν οἰκουμενική διάσταση τοῦ Ἑλληνισμοῦ: τό ἱστορικό ἔργο καί χρέος τῶν Ἑλλήνων «μᾶς καλεῖ νά ἀρθῶμεν ἡμεῖς οἱ κατ' ἀνατολάς Ἕλληνες ὑπέρ τό πνεῦμα τοῦ αἰῶνος, τό ὁποῖον εἶναι ἀκόμη ἐθνικιστικόν, νά ἀρθῶμεν εἰς τό πνεῦμα τῶν αἰώνων, τό ὁποῖον εἶναι αἰώνιον καί ὅπου καταργοῦνται αἱ διαιρέσεις καί αἱ διαφοραί ἀνθρώπου ἀπό ἄνθρωπον καί ἔθνους ἀπό ἔθνος».
Μέ τήν κατάρρευση τοῦ στρατιωτικοῦ μετώπου τῶν Ἑλλήνων στά βάθη τῆς Μ. Ἀσίας, ἄρχισε ἡ ἀντίστροφή μέτρηση γιά τόν Μικρασιατικό Ἑλληνισμό. Ὁ Χρυστόστομος μέ παρεμβάσεις του στόν βασιλιά, τόν Βενιζέλο καί ἀλλοῦ προσπάθησε νά ἀποτρέψει τή διαφαινόμενη συμφορά. Μάταια. Οἱ Τοῦρκοι προέλαυναν γιά τή Σμύρνη. Ἤδη στίς 25 Αὐγούστου ὁ Ρωμαιοκαθολικός Ἀρχιεπίσκοπος κάλεσε τόν Χρυσόστομο νά διαφύγει. Τό ἴδιο ἔκαναν καί ξένοι πρόξενοι. Ἡ ἀπάντηση τοῦ Χρυσοστόμου: «Παράδοσις τοῦ ἑλληνικοῦ κλήρου, ἀλλά καί καθῆκον τοῦ καλοῦ ποιμένος, εἶναι νά παραμείνῃ μέ τό ποίμνιόν του».
Σέ ἔκθεσή του πρός τό Οἰκουμενικό Πατριαρχεῖο, τό πνευματικό του τέκνο Μητροπολίτης Ἐφέσου Χρυσόστομος Χατζησταύρου, μετέπειτα Ἀρχιεπίσκοπος Ἀθηνῶν, ἀναφέρει ὅτι τό μεσημέρι τοῦ Σαββάτου 27 Αὐγούστου 1922 ὁ Σμύρνης Χρυσόστομος, κατόπιν διαταγῆς, μετέβη στόν Τοῦρκο Φρούραρχο, ὁ ὁποῖος τόν ἐδέχθη μέν φιλοφρόνως, τόν διέταξε δέ νά ἐκδώσει Ἐγκύκλιο γιά νά καθησυχάσει τούς Χριστιανούς καί μέ τήν προτροπή νά παραδώσουν τά ὅπλα, ὅπως καί κρυμμένους Ἕλληνες ἀξιωματικούς καί στρατιῶτες. Ἀκολούθως, ἐπέστρεψε στή Μητρόπολη, ὅπου ἐξέδωσε τήν ὡς ἄνω Ἐγκύκλιο. Ἀλλά γύρω στίς 7.30 τό ἀπόγευμα, στρατιωτικό αὐτοκίνητο μέ τή συνοδεία δύο Τούρκων λογχοφόρων ἱππέων τόν πῆρε ἐκ νέου γιά τό Φρουραρχεῖο. Μαζί του συνελήφθησαν καί δύο -ἴσως τρεῖς- Ἕλληνες Δημογέροντες. Στίς 10.30 τό βράδυ ἀπέστειλε σημείωμα στόν μεγαλύτερο ἀδελφό του Εὐγένιο: «Ἀδελφέ Εὐγένιε, ἐκρατήθημεν ἐγώ μέν ὡς πρόεδρος, οἱ δέ λοιποί ὡς μέλη τῆς Ἀμύνης. Εἰδοποιήσατε τάς οἰκογενείας αὐτῶν». Αὐτό ἦταν καί τό τελευταῖο ἴχνος ζωῆς τοῦ ἱερομάρτυρα.
Ὅλες οἱ πληροφορίες, ὅπως σημειώνει καί ὁ Ἐφέσου Χρυσόστομος, συγκλίνουν στό ὅτι ὁ Σμύρνης Χρυσόστομος παραδόθηκε τελικά στόν μαινόμενο τουρκικό ὄχλο. Ἐνδεικτικά ὁ Ἀμερικανός πρόξενος Τζόν Χόρτον γράφει: «Ὅπως λέγουν [ὁ Νουρεντίν] εἶχε υἱοθετήσει τή μεσαιωνική ἰδέα νά παραδώσει τόν Μητροπολίτη στόν φανατικό ὄχλο, γιά νά τόν κάνει ὅ,τι ἤθελε. Δέν ὑπάρχουν ἐπαρκεῖς ἀποδείξεις τῆς ὀρθότητος αὐτῆς τῆς διατυπώσεως, εἶναι ὅμως βέβαιο, ὅτι ὁ Μητροπολίτης θανατώθηκε ἀπό τόν ὄχλο. Ἐβιαιοπράγησαν ἐπάνω του, τοῦ ξερίζωσαν τή γενειάδα, τόν ἐχτύπησαν μέ ρόπαλα καί μέ μαχαιριές ὡσότου πέθανε, καί ὕστερα τόν ἔσυραν σβαρνίζοντάς τον ἐπάνω στούς δρόμους». Τό τίμιο λείψανό του δέν βρέθηκε ποτέ.
Ἔτσι τελείωσε τόν ἐπίγειο βίο του ὁ Σμύρνης Χρυσόστομος ἀφοῦ σέ ὅλη του τή ζωή ὑπηρέτησε Χριστό καί πατρίδα. Καί ἀναδείχθηκε «πιστός ἄχρι θανάτου» (Ἀποκαλ. 2, 10), πάσχων καί ὑπομένων μέχρι τέλους διά τό συναμφότερον.
Τό 1992 ἡ Ἱερά Σύνοδος τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος τόν κατέταξε στό Ἁγιολόγιο τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας, θεσπίζοντας ὡς ἡμέρα μνήμης του τήν Κυριακή πρό τῆς Ὑψώσεως τοῦ Τιμίου Σταυροῦ.